مدرسة "أساغايا" الثانوية تبدو طبيعية تمامًا: ممرات مزدحمة، مكاتب خشبية مخدوشة، وطلاب يغطون في النوم أثناء درس الرياضيات. لكن بين هؤلاء الطلاب العاديين يمشي كاغياما يوتا، نينجا من عشيرة النينجا الأخيرة الباقية. مهمته ليست سرقة مخطوطة قديمة ولا حماية أمير، بل حماية تلميذة تدعى هينا ساكوراي. هي لا تعرف أنها مستهدفة. لا تعرف أن دمها يحمل مفتاح تقنية مدمرة تستطيع تدمير المنظمات السرية كلها.

يوتا ليس نينجا صامتًا مثاليًا. إنه متوتر، أخرق قليلاً، ويكره حصص التاريخ. إخفاء هويته الحقيقية يعني ارتداء زي المدرسة، أداء الواجبات المنزلية، ومحاولة عدم تفجير غطائه عندما تسأله هينا لماذا يتسلق الحائط بدل استخدام الدرج. لكن عشيرة يوتا ليست المنظمة الوحيدة التي تبحث عن هينا. جواسيس من فصائل النينجا المنافسة يتسللون إلى المدرسة أيضًا — متنكرين كمعلمين، حراس، وحتى طلاب جدد. فجأة، ساحات المدارس تتحول إلى ساحات معارك، وامتحانات الكيمياء تخفي سمومًا مميتة، ورحلة ميدانية بريئة تصبح كمينًا دمويًا.

يُعرف أيضًا باسم: Shinobi Undercover, シノビ・アンダーカバー, شينوبي متخفي.